El cloro es el agente químico usado por excelencia en la desinfección de aguas de diversa procedencia, el cual pose posee poder bactericida y bacteriostático, elimina e inactivando a los diferentes agentes patógenos presentes en el agua destruyéndolos en un tiempo relativamente rápido. Aguas que van a ser potabilizadas en ETAPs, Estaciones de Tratamiento de Aguas potables) o aguas residuales urbanas que van a ser depuradas en EDARs, Estaciones de Depuración de Aguas Residuales, entre otras, deben ser desinfectadas con el objeto de cumplir sus respectivos cometidos.
La Organización Mundial de la Salud se ha pronunciado claramente ante la tesitura de desinfectar o no un agua, cada acción con sus ventajas e incovenientes: Se debe desinfectar siempre.
Por tanto, la Administración debe velar por la salud pública de sus ciudadanos mediante la cloración de las aguas que suministra a la población para consumo humano. En concreto, el Real Decreto 140/2003 (y sus posteriores modificaciones mediante texto consolidado) establece unos valores paramétricos de 1 y 2 mg/L para el cloro libre y combinado, respectivamente.
De todas las formas químicas presentes de cloro en un agua (cloro libre y combinado), es la fracción de cloro libre la que realmente interesa ya que es la que posee claramente un elevado poder oxidante y desinfectante frente a patógenos.
Aguas residuales, de vasos de piscinas, de torres de refrigeración, etc deben ser analizadas según normativa vigente, con el objeto de asegurar aguas exentas de bacterias, virus, hongos, protozoos y otros gérmenes nocivos.